مسئول بخش: جلیل قاسمی
در این بخش بر روی نمونه مدفوع جهت شناسایی انگل های دستگاه گوارشی ، تنفسی ، خونی و … با روشهای wet munt، direct smear و همینطور رنگ آمیزی هایی چون Trichrome (تشخیص آمیب هیستولیتیکا) و Sudan III (تشخیص چربی در مدفوع) انجام می شود.
از شاخصه های این بخش استفاده از پرسنل مجرب در تشخیص می باشد.
سالانه چند بار در برنامه ارزیابی کنترل کیفی خارجی (EQAP)؛ این بخش از نظر کیفیت ارزیابی می گردد.